Das Controlling unterstützt die Amtsleitung bei der betriebswirtschaftlichen Steuerung des Gesundheitsamtes. Daher ist es organisatorisch direkt der Amtsleitung unterstellt. Inhaltlich ist es aber stark mit der Allgemeinen Verwaltung, insbesondere dem Bereich Haushaltswesen verwoben.
Das Controlling liefert ebenfalls den betriebswirtschaftlichen Service für alle Abteilungen des Gesundheitsamtes.